カーネル改変が駄目なだけでFTFの中のシステムイメージ内のアプリ自体は普通に消去できるし消した状態のモノを焼けるよ
acroの場合ftfか元のFILE_~~を解凍すると出てくる中のシステムのイメージをさらにアンパック或いはロードして不要なもの消してパックし直した後ftf焼くだけ
或いはupdateZIPかprerootedZIPでも作ってCWMなどのカスタムリカバリから焼くだけ
詳しく必要なものや作業などは自分で調べて