TOT一式があれば理屈としては全て綺麗に戻せるはずだが
その辺の勝手がわからなくて怖いぐらいなら手動で取っといてもいいんじゃねと思う

もしこれから弄るんだったらカスタムリカバリを入れた状態で
FOTA(本体で公式アップデート)だけはしないように気をつけてな
TOTを焼くためのダウンロードモードにすら入れなくなってハマるから
(カスタムリカバリ自体が生きてればコマンドで回復できるらしいが)