>>591 で上げたTWRP3.0.2-0ですが、
・/systemがアンマウントできない問題（新しくサポートされたlogd,logcatに起因）
・再起動や電源断ができない問題（kernelに起因）
がありまして、logd,logcatのサポートを外すことで前者は解決しましたが、
後者は何が原因か突き止めるのにかなり時間がかかりまして、とりあえず
CyanogenModツリーが原因でないことまでは分かりましたので、
現在kernelに対するgit bisectを始めようとしてます。
うまくいったらまた上げようと思います。