MagiskやSuperSUインストールしてもワンセグやNFCが無効になったりはしません
ただ、それらをインストールするためにカスタムリカバリ(TWRPなど)を焼くと
NFCは無効になります(ワンセグは無関係)
インストール後にリカバリをStockリカバリに戻せば、再びNFCが使えるようになります

Android 6.0以降ではリカバリを戻してもNFCが有効化できなくなりましたが、
S4はStockでは5.0までしか提供されていないので関係ありません