>>2ってもしかしてもう古い情報？
ビルド番号LMY47X（Android5.1.1）で試したら、
アプリの最適化→アプリを起動しています→リブートのループになった…。

とりあえずバックアップしてあったROMから復旧した後に調べたら、
↓にSuperSU 2.46をTWRPでインストールするだけでいいって書いてて、
試しにやってみたらあっさりROOT化できた。

http://forum.xda-developers.com/nexus-9/orig-development/root-t2929118/page28