ちとroot.zipの説明がわかりづらいので更に解説
開発者向けオプションにてrootアクセスをオンにして普段はrootアプリを使ってる環境で、
PokémonGOをやりたい時にリカバリーに入りroot.zipをインストールし再起動。
すると非rootになってるのでプレイ可能。
終わったら再びリカバリーにてroot.zipをインストール、再起動するとroot状態に戻る。

要するにroot/非root切替はzipのインストール操作のみ。
色々と報告頼みます。