気付いた限りだと以下かなぁ

1.ドコモメールアプリが有利な点
・キャリア絵文字が使える(Web版ドコモメールを立ち上げなくて良い)
・メッセージR/Sが使える(一部のドコモサービス(ワンタイム保険等)の通知が見られる)

2.K-9が有利な点
・メール受信が即時(IMAP IDLEをサポート)