そもそもTWRPはシステムとしてインストールされてるAndroid OSではなく
リカバリ領域にインストールされた別のOSである、ということは理解してる？

TWRPではAndroid側へのSuperSUのインストール有無はまったく関係なく
システム領域を含めて自由に変更できる権限が最初からある
TWRPにsuコマンドは実装されていない(必要ないから)
ってか、そういう権限がないとそもそもSuperSUがインストールできるのが変でしょ？

安全のため、デフォルトではsystemやらEFSやらのマウントは外してある
再起動したらマウント外れるのはそういう仕様だから
あの設定はあくまでTWRPというOS上でのマウント有無の設定で
Android上でのマウント状態とは無関係
AndroidでsystemをマウントしたいならAndroidを起動してから
アプリなりadbなりでマウントすること

とりあえず、「普通にroot化はできてる」と思います
一体何がしたいのかを明確にすればアドバイスできるけど
何に困ってるのかわからん