気付いたことがあったので
RMXtoolでフォーマットすると、左上のログ情報がこうなります
https://i.imgur.com/Nuk1gQk.jpg

RMXtoolのサブモジュールを実行するためのCランタイムとかが入っていないと、
実行に失敗するけど、失敗と表示されずただdoneとだけでます
一見成功しているように見えてしまうので、もしかしてそれじゃないかなと