肥大(ひだい)化ね

削除したファイルやらが論理削除のみで容量食ったままになるのが原因
実ディスクなら再利用可能な領域と見なして、空き容量が増えたように見えるし実際再利用するけど、
仮想ディスクの場合はゼロビットじゃない領域以外は確実にデータが存在しないと判別できないので
削除した分、新しく書き込み領域を確保するから延々とファイルサイズが増えていく

一応、本家VirtualBoxの機能として使用済み領域の解放というか圧縮(compact)があるんだけど
↑の理由で結局サイズが小さくならないことが多い
そこで昔からの小技として使用済み(かつ削除済み)領域を意図的にゼロビットで埋めてやってから
実行するとうまく仮想ディスクファイルのサイズが小さくなる
(dd if=/dev/zero of=zeroとか、ツール化されたバイナリならzerofreeとか)

NoxもMEmuもこれを実装したものだと思うから、実際には圧縮というより余分な領域な解放なので特にパフォーマンス落ちたりはしない