3秒はかかりすぎだけど何が足を引っ張ってるのかがそれだけでは分からん
単純にNoxが遅くなってるだけかもしれんし

まあそれでも一案を書いておくと、例えばバッチファイルから
adb shell input tap 100 200
adb shell input tap 200 300
とかしてるとして、これを
input tap 100 200
input tap 200 300
と書いた hoge.sh ファイル(改行コードはLF)を /storage/sdcard0/hoge.sh に保存して
バッチファイルからは
adb shell sh /storage/sdcard0/hoge.sh
とすればadbでの呼び出し回数が減るから多少速くなるはず