引き続き切り分けを続けた結果、
純正アップデートの後にユーロ版のbootは焼かず、
systemとcustだけを焼いてみたところ
今の所正常に設定等が動作しています

以前紹介されていたブログでbootは導入romのものを焼く、とされていたので
そうするものと思い込んでいましたが、しないほうがいい場合もあるみたいです