Nox 6.0.8.0にて設定してた仮想キーが読み込まれなくなってしまい設定し直そうとしたところ
仮想キーの保存時に画像のように
「マウスをクリックして仮想キーの位置を確認します」
のポップアップウインドウが出て「確認」を押すと
キーボードコントロールの左ペインが閉じて設定した仮想キーが保存されないという状態になりました
https://i.imgur.com/Kfb5ysQ.jpg

keyboardConfigフォルダ内の該当ファイルを見たところ
仮想キーの設定自体は読み込めなくなった時点からタイムスタンプが変更されておらず
xmlに以前の情報はそのまま残っていることを確認したので一旦設定の保存さえできれば復旧は可能そうでした

https://egg.5ch.net/test/read.cgi/android/1511869863/724
に同じ問題の報告はありましたが解決策が出てないようで
Nox自体再インストールすれば治るとは思いますがそれ以外の方法で何かあればお願いします