>そういえば、bootloader状態でのgoogle謹製6.0.1インストールのバッチを走らせると、
>DOS窓でWAITING DEVICEと出たまま

OSが消えてしまってるならコマンドプロンプトでimgファイルを一つずつflashしていけば?
こんなんだっけ
fastboot flash bootloader bootloader-flo-flo-04.08.img
fastboot flash system system.img
fastboot flash recovery recovery.img
fastboot flash cache cache.img
fastboot flash boot boot.img
fastboot reboot