モジュール1個入れたら全部のアプリに適応されるようなモジュールは無いと思う
理由は以下の2つ
1. アプリごとに onResume, onPause の処理がどのクラスに書かれてるか分からないから
2. 仮に 1 が自動的に判断出来たとしても、どういう動作するか予想できないから、そんな危ないものは作らないほうがいい

アプリ個別に自分でXposedモジュールを作って onResume, onPause の処理を書き換えるしか無いと思う