Android6以降ではAndroidの正式なAPIとして指紋認証の機能が提供されている

https://developer.android.com/about/versions/marshmallow/android-6.0?hl=JA

機能的には端末が持っているTMPって言うH/Wの暗号化機構を使用してローカルで
管理しているらしい