ハッシュの話が出ていたので一考。

単体ファイルであれば問題はないであろう。
パーティションを dd で抜き出したものは、差異が発生する可能性がある。
元がどうやって書かれるかは分からないが、まるっきり同じセクタに同じものがかかれるとは思えない。

microSD とかで
1. ファイル AとBと書き込む。
→ここで dd してパーティションをまるごとバックアップ。
2. ファイル Aを削除してCを書き込む。
3. ファイル Aを書き込み、ファイルCを削除する。
→ここで dd してパーティションをまるごとバックアップ。

microSD に書かれている A と B は 1. でも 3. でも同じもの。
でも dd でパーティション毎バックアップしたファイルは違うはず。

ということではないだろうか。