CloudFlareのキャッシュを回避された原因はこんなところかな
個人的には2番と予想

1. サイトへのIP直アクセス
CloudFlareを使用する前のサイトサーバーIPを検索エンジンに記録されていた、メモしていた
CloudflareのDNS設定ミスでDNSレコードから漏洩
対策：ApacheでVirtualHostを設定してアクセス拒否

2. CloudFlareの設定でクエリを別コンテンツとして認識していた
対策：CloudFlareのキャッシングレベルを変更