> PerfectViewerが持つ｢書籍フィルター→新着の本｣という機能です。
> 普通に閲覧する分にはクローンした互いのアプリで本棚が分かれているのですが、このフィルターを通すと影響しあい両者ともに同じ見え方になってしまいます。

本棚指定を無視して動作してるんじゃ？
PVのバグ？

> これは設定値ではないので上手く機能していないのではないかと推測し、クローンアプリ同士別フォルダにインストールするようなアプリがあれば解決するかも、と探しています

Windows的に理解してそう
別フォルダインストールは別パッケージ名インストールとほぼ同じ

PVが本棚指定を無視して動作してない？
そこ確認