★付きのスレしか見ないような使い方してるなら、表示設定から「★を付けたスレだけ表示」にすれば解決するぞ
板も★付けたのだけ表示されるようになる

ちなみにそもそもホームの「板」ページでは板を削除するような使い方が想定されていない
ホームで板を長押しして削除するとなんと板一覧から消える
だから板一覧が更新されれば復活するんだよ

どうしてもそこから消したければ、板一覧の更新を止める
Play版ならBBSMENUのURLを消す
Dev版なら掲示板設定で5ch.netの使用するのチェック外す
その上で長押し削除すれば復活してこない