こんな説明じゃさっぱりわからんよ
そもそもなんで5ch.netの板と5ch.ioの板の2つが混在してる？
5ch.netの板なんて初めから存在してないだろ？？
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このままだと板一覧に5ch.netの板と5ch.ioの板の2つが混在してしまっているので、設定→掲示板設定→5ch.net から5ch.netの板を全て削除してください。(★付きの板は手動で削除して下さい)。
もしくは、IOMateの「ツール」に特定ドメインの板を一括削除するツールがあるのでそれを使ってもいいです。