> これって同じ３枚でレベルMAXにしなくても他のカードで地道に上げてMAXにしてもいいんだよね？

No, というかパートナーの強化の場合は同じものしか選択できないようになっているよ。

> あとお金がなくてわからないんだけどMAXにしないと素材にできないの？

Yes, 作りたいものを選択するとレシピが表示されるけど、そこに「品質/レベル」という列があって、装備品の場合はレベルとなる。
で、SSエスカの場合はSエスカのレベル40とか、SSSエスカの場合はSSエスカのレベル50と書かれている。

> あとSSSの素材に証があるけど持ってるレシピは絆なんだけどもう１つのレシピも買うってこと？

パートナーの証のレシピ名は「パートナーの絆」なので、"もう１つのレシピ"というのがそれならYes