いずれにせよワンオペは可及的速やかに対応が必要です
全営業時間を通して有資格者(フロアの登録販売者・調剤室の薬剤師)が1人しかいないということは
・休憩時間も呼び出しまくり→労基法違反
・労基法に基づく休憩時間を取らせて営業→薬事法違反

打刻しないサービス残業が懲罰対象だと口うるさく言うのであれば常態化している休憩時間中の呼び出しは組織犯罪でしょう