上位3都市圏＝3大都市圏の中心都市という意味なら東京大阪名古屋が3大都市となる(実際その意味で使われることがほとんど)が、
都市の規模で見ると上位3都市つまり3大都市は東京大阪横浜になる

4大都市圏と言われる場合は東京大阪名古屋福岡だが、福岡は都市規模は神戸京都札幌と大差無し、4番目とは言い難い