調査委員会が研究不正だと指摘したのは大きく2点。

一つ目が、STAP細胞がリンパ球からできたことを示す1枚の写真が、
実は2枚の写真から合成されていた点。
これは「手法が科学的な考察と手順を踏まないものであることは明白」
だとして「改ざん」だとされた。

二つ目が、STAP細胞が様々な細胞に変化できることを示した画像が、
STAP細胞とは関係のない小保方氏の博士論文から流用されていた点。
特に画像の流用については、

明らかな実験条件の違いを認識せずに『論文1の図を作製した』という
説明を納得することは困難。このような行為は、データの信頼性を
根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたと言わざるをえない」

と厳しく非難。「ねつ造」だと認定された。

http://www.j-cast.com/2014/04/02201029.html?p=all