サンプラートラックのオーディオってそういう参照方式なんだ、プロジェクトをアーカイブとかするとまとまるのかな？
ちょっとしたチェックで改善できるようなことは本当に多いよね。追加トラックを選択トラック直下に置く置かないとか。

昔から思うんだけど、オーディオミックスダウンをする際、書き出し先フォルダ項目のあたりに選択チェックボックスで「アクティブプロジェクトのフォルダ/(任意に設定したフォルダ名)/」を選べるようにしてくれたら、地味な手間や事故が減って良いと思うんだけどな。