皆さんのアドバイスに習って全移植する前に断線部分にジャンパーを渡してみました。
回路はあってると思うのですが、やはりちゃんと動かないです。症状としては、

・電源オンと同時にRUN/STOPボタンが常時点灯
・パターンの書き込み不可
・FUNCTIONなどを押すとTIMEMODEやほかのキーのLEDが同時に光る
・PITCH MODEに入れるときと入れないとき（LEDが非点灯）がある

海外サイトなどを見てると、同様の症状だとIC6（シュミットトリガ）の故障の可能性もあるようで。
このチップって現行の互換製品と交換しても正しく動作するのでしょうか？
テスターでほかのダイオードやらコンデンサも調べてみたのですが壊れてるものもなく・・・
ちなみにフレキもすべて導通しており、断線などはない模様です。

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しぶとく試してみます！