"しばらくすると"　の状況が判らないから断言できないけど
なんらかの理由で、セーブ時に部分的に保存されない不具合がある気がする

今はオートメーションの100が保存されていない状態になっているから
読み直す度に0に戻っているんじゃないかと

オレの場合は、ループマーカーが何故か保存されない状態になって、毎回リセットされていたけど
諦めて色々やってるうちに保存されるようになった