ありがとうごさいます。だいたいあたりがつきました。

プレイヤーのテンプレートHTMLで使用しているprototype.js(ver1.5.1.1)がエラーになるようになりましたね。
しかし、同じprototype.jsを使用しているニコニコ動画の再生ページがSafari5.1でエラーにならないのが不思議。
(もしかしたら5.1で画面の最大化やマイリスト登録が動かないかも)

とりあえず、MacNicoTunesのリソースフォルダ内にあるprototype.jsをver 1.6とか1.7などのソースコードで上書きすると
うまく動くかもしれません。
http://www.prototypejs.org/download