消える原因がわかったよ。
空のDIVが保存すると自動で削除される仕様になってる。
ヘッダ画像用のタグ、例えば

<div id="img"></div>

とかね。こういうものが保存時に自動で削除されてる。
これを避けるには例えば

<div id="img"><span></span></div>

とかすればいいけど根本的な解決では無いね…。
取り敢えず使いたければテンプレートをすべて調べて、
空のDIV要素全てに上記のような応急処置が必要になるかも。

ただ、ほぼ初心者でテンプレートいじるのって大変じゃない？
メニューとか追加したら他のページにも自動でメニューが追加されるわけじゃないでしょ？
そういうのが手間じゃなければいいんだけど。