>>436さん
上手く伝えることが出来ないのですが、RapidWeaverは独自のテンプレートを読み込んで
htmlファイルとして出力（あえてこう呼びます）する仕組みになっています。
出力後のファイルを編集してもRapidWeaverのテンプレートには反映されない仕組みです。
ソースを表示して編集できない（させない）理由はここにあります。

なので、ホームページを更新するたびに出力されたファイルをエディタで編集し直さなければいけません。
これがブログページなどの場合は、更新されたすべの記事で行わなければいけません。
現状、RapidWeaverはブログを更新すると過去の記事も全て更新上書きされてしまいます。
記事単位で更新出来ない仕組みです。
これはHTMLに限らず、プラグインが吐き出すコードを編集しても同じです。

この作業を手間だと思わなければいいのですが、大抵の人は手間と感じるでしょう…。
miやEspresso、Codaなどを利用してもこの手間は軽減できないと思います。
（ファイル検索で置換をシステム化すれば可能かな？）

なのでテーマファイルを直接編集する方法を提案してみた次第です。
コードの記述が間違っていない限りエラーは出ないと思うのでなんとか上手くいってくるといいのですが…。