多分問題あるのはdllとかかな
windowsディレクトリにインストールされるんだっけ？
そうならこんな感じでできるはず

普通にインストールして
windowsディレクトリ配下に入ったdllを全部集めて
実行ファイルと同じフォルダにバックアップする
これで実行できる環境はできる
これをコピーして取っておいてアンインストール

別バージョンを同じ手法で作った後（当然アンインストールまでね）に
バックアップしたファイルを適当なディレクトリにコピーする

これで原理的には両バージョン使える
同時実行できるかは不明
必要に応じて環境変数いじれ

Windows が使用する DLL 検索パス
ttp://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/7d83bc18.aspx