Mac 上の Emacs 24 を別な Mac の VNC 接続(スノレパ標準の)経由で使うと、
キー入力を受けつけなくなるんですが、同じ経験のある人はいますか?

同じマシン同士で Emacs 23 は問題なし。Windows の VNC からなら問題なし。