まっさらな enit.el で (set-face-attribute 'default nil :family "Menlo" :height 120) しても
(normal-splash-screen) が呼ばれちゃいますね。

これ以上の原因追求はdisplay-startup-screen などのマニュアルやコードを読むしかなさそうですが、
とりあえずこちら（http://goo.gl/O7wtx）から必要な部分をコピペして問題を回避できたので
Emacsの熟練度が上がってきたらまた原因を追求してみようかと思います。