＞直接 Emacs のバイナリを Terminal から指定して実行すると、
＞Emacs が Terminal の後ろに立ち上がってしまうんですが、
＞これは通常の動作でしょうか？

他のアプリもそうだし、emacsが自分で前面に出る考慮してなければそうでしょう
NSWorkspaceやLaunchServicesを経由しないから前面に出す人もいないんだと思うけど