以下を参考に、Trashフィアルを探す。消えたなら作る。でどうだろか?

Thunderbirdでメールの削除ができなくなった!(OS X 10.8) | Takaki's Unmotivated Days
http://www.takaki.co.uk/wp/wordpress/2013/03/20/thunderbird%E3%81%A7%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E5%89%8A%E9%99%A4%E3%81%8C%E3%81%A7%E3%81%8D%E3%81%AA%E3%81%8F%E3%81%AA%E3%81%A3%E3%81%9F%EF%BC%81os-x-10-8/