iPhotoの写真や、連絡先のvCardデータや、iCalの予定データと
同じ扱いになったってことですよ＞iBooksのePubやPDFファイル

入れたり出したり編集したりするのは
iPhotoであり連絡先でありiCalでありiBooksであると

それをiPhoneやiPadなどに同期するのはiTunesもしくはiCloudであると

連絡先のvCardデータやiCalの予定データはiCloudオンリー
iBooksのePubやPDFファイルはiTunesオンリー
iPhotoの写真はどっちでもOKかな