コメントありがとうございます。
あいにく機材が1つしかないので、現状では試せないです。
同じ機材で撮影した動画でも、全くノイズが入らないで書き出し完了したこともありました。

今回の問題の動画は時間が30分弱です。
そもそも編集は初心者なんですが、
今回は初めてというくらい、テロップやトラジションを多めにぶち込んでいるのも原因になりうるんですかね？