ttps://dotup.org/uploda/dotup.org1994507.jpg

Automatorに名前を付ける方法がなさそうだったのでシェルスクリプトかませたけどもっといい方法があるのかも。
PDFを作成する方のワークフローに手を加えた。それぞれのフォルダの中にPDFをつくってそのPDFをリネーム。

シェルの部分は以下
fname=`basename $1`
cd $1
mv output.pdf ${fname}.pdf