上書きを元に戻すのは無理じゃね、Automatorに限らず
ドキュメントTime Machineという別の方法機能で可能なぐらいでしょ

あと、ファイル関連の操作(移動とか名前変えるとか)はFInderアクションじゃないとUndo対象にならないだろう