ちなみに長方形のアイコンってこれ？
http://i.imgur.com/iUkTnyf.png

それともサムネイルが小さく表示されてる奴かな？

試してみたら、似たような動作になったよ。

1、[アイコンが長方形のもの]の場合
Thumbnail.pngが生成されている。
アイコンがサムネイル表示になる。
QuickLookでサムネイルがプレビュー出来る

2、【アイコンが紙にロボットのもの】
Preview.pngが生成される。
アイコンはサムネイルでは無く、デフォルトの物。
QuickLookでワークフローのプレビューが出来る。

試しに、新規ワークフローに自作のアクションを一つ追加したら、1になって同じ物をもう一つ追加したら2になった。
おそらくアクションが複数になるとPreview.pngが生成されるんだと思う。
不思議なのが、アクションが空だと2のプレビュー可能なデフォルトアイコンになる。

そんとなんで、複数追加してもサムネイルになるかってところが、問題だけど。
複数の組み合わせで試してみたけど、法則性が見つけられなかった。
とりあえずこれらが、動作に影響してるわけじゃ無さそうだから、無視しても大丈夫かも。