10.11 El Capitan パブリックベータ (15A215h) で
旧QT7系アプリ (QT Player 7, MPEG Streamclip, JES Deinterlacer)
旧QT7系プラグイン (x264Encoder, Perian, Flip4Mac, ProRes)
共に問題なく動作

当初は処理速度が遅かったが、追加アップデート適用後は解消
Appleが情報公開してた32bit関連の不具合だったようだ