44にするときから発生していますが、
アップデートかけてFirefoxが再起動かかった後、
DockにFirefoxアイコンが2つ表示されます。
そうするとFirefoxをどうやっても終了させられない状態になります。
Windowを閉じると新しいFirefoxウィンドウはもう開かない。
強制終了もできない、アクティビティモニタにもプロセスが出てこない。
Macの再起動やシステム終了もできなくなります。
Terminalで再起動かけるしか方法がありません。

これって皆発生していますか？
El Capitan(10.11.3)です。