>>44
アドオンを1つずつ無効有効を繰り返して行ったらツリー型タブを無効にするとブックマークの位置を変更できるようなりました。

ただし別の箇所の問題も新たに判明しました。
1. タブ上の右クリックメニューで「すべてのタブをブックマーク」を選択した時に出るポップアップ内でフォルダを選択するとポップアップの下の部分が切れてしまい、「複数ブックマークする」ボタンを押せなくなってしまう
2. ツールバーの「最近閉じたタブのリストを表示」ボタンを押しても、直前までに閉じたタブが保存されておらず、大部分が抜けてしまっており、抜けているものは復元できない

この2つの問題についてはまだアドオンが干渉してるかどうかのチェックはしていません。
ツリー型タブを愛用しているのと、その他面倒なので、Firefox39.0.3にダウングレードして使うことにしました。