1. システム環境設定の一般>アプリケーションを終了するときにウインドウを閉じる、のチェックを外し、フルスクリーンのまま終了しても次回の起動がフルスクリーンにならず、OS X標準に沿っていません
とかバグレポして修正されるのを待つ
2. 当座AppleScriptで起動とフルスクリーンにする簡易launcherを書いてそこから起動する