俺はfavicon邪魔だからずっと
browser.chrome.favicons
browser.chrome.site_icons
を両方falseにしてたけど、試しに両方trueにしたら、
タブには出た
ブックマークや履歴には出ない
直に開くと表示される（これは上のと関係なしに）

まるっきり新規プロファイルで試したら、
タブにもブックマークにも履歴にも出た

なので、設定のなにかが干渉してんじゃない？と思う
あとは自分でやってちょ