すまんかった、一応症状書いとくね
・Macのブックマークの順番がバラバラになり並べ替えも削除も出来なくなる(このバラバラ状態をAとする)
・iCloudとの連携を切れば並べ替え出来るけど連携ONにしたら強制的にAの状態に戻される(この段階でサポートに電話、以下はサポートの指示に従って行う)
・iPhoneもAの状態になったので連携を切→再同期したらブックマークフォルダはあるのに中身が無い、歯抜けのものになる(以下B)
・エンジニアにサーバを真っさらにして貰う様に依頼
・真っさらにして貰った後、Macからブックマークを追加したら消したはずのAとBが復活、バラバラな上に歯抜けだらけで且つ消せない状態に(以下C)
・iPhone側はCから更に歯抜け状態に
てな感じで今はMacではフォルダは重複してるのに中身がスカスカ、iPhoneは空のフォルダがいくつか同期されるのみ