サーバをまっさらにしてもらってる間に、MacのSafariで「ブックマークを書き出す」をやって、
他のブラウザで読み込み、そのデータ自体が狂っていないことを確認（もし狂ってたらこっちで訂正）し、
そのブラウザからブックマークを書き出しておき、MacのSafariのデータをまっさらにして、
iOS機器のデータもまっさらにして、Macで書き出しておいたデータを取り込んで同期させる
ってしないと、いつまでも変なデータが残ってて悪さすると思うけど

似たような状態で、前にユーザ辞書になんかの文字が入ってると同期が狂うやつがあって
それを消さないとうまくいかなかったけど、決してから同期させれば動いてた
Macのバグといえばそうだけど、それまでに自己で解決しようとしたらそのくらいはやらないと