Cot バージョン 3.1.8 (191) 、El Capitan 10.11.6 で現れる謎な挙動。

100行空行をおいて、その2行目に「00000 1234」という文字を置く。
ここでウィンドウは1行目が一番上で表示さているようにする。
ここで「1234」の文字を選択して「12345」をいう文字で上書きペーストすると、
ウィンドウの表示が一行下がり、2行目が一番上に来るようになる。
謎だ。
これは「123456」と2文字増やす上書きペーストなら起きないし、2行目以外でも起きない。

http://i.imgur.com/xy9Qczb.gif

なお、同様にで「1234」を「123」で上書きペーストした後、Cmd+ZでUndoすると、同様に2行目が一番上に来る。
2行目での1文字増える操作にトリガーがありそうだ。