特定の拡張子(付ける)だけという他に、
(com.apple.)FinderInfo に これはバンドルです というフラグがあるのでそれを立てる

いにしえの SetFile コマンドなら、
SetFile -a B HogeHoge
https://developer.apple.com/legacy/library/documentation/Darwin/Reference/ManPages/man1/SetFile.1.html

SetFile に代わる今時のコマンドってなんだろなあ